南京定制开发小程序的费用会根据多种因素而有所不同，包括但不限于以下几点：

1. **需求复杂度**：小程序的功能越多、越复杂，开发成本就会越高。
2. **设计要求**：界面设计的美观度和复杂度也会影响开发成本。
3. **开发团队的经验和专业性**：经验丰富、技术实力强的开发团队通常会收取更高的费用。
4. **开发周期**：项目的时间表也会影响成本，紧急项目通常需要更高的费用。
5. **维护和更新**：如果需要长期的维护和支持，这部分费用也需要考虑在内。
6. **第三方服务集成**：如果小程序需要集成其他第三方服务，如支付、物流等，也会增加成本。

一般来说，定制开发一个小程序的费用可能在几千元到几十万元不等。为了获得更准确的报价，建议与南京当地的软件开发公司或团队进行详细的沟通和需求分析。他们通常会根据您的具体需求提供个性化的报价。