南京网站开发完成后，为了进行有效的安全防护，可以采取以下措施：

1. 使用安全的服务器和操作系统：选择一个可靠的服务器提供商，并确保服务器上安装了最新的安全补丁和防火墙。使用安全的操作系统，如Linux或Windows Server，并定期更新和维护。

2. 应用安全编码实践：在网站开发过程中，使用安全的编码实践，如避免SQL注入、跨站脚本攻击（XSS）、跨站请求伪造（CSRF）等。使用安全的加密算法来保护敏感数据，如用户密码和支付信息。

3. 定期备份数据：定期备份网站数据，包括数据库、文件和配置文件。确保备份的频率和保存期限足以在发生数据丢失或恶意篡改时进行恢复。

4. 更新和维护：定期检查和更新网站所使用的第三方插件、模块和框架，以确保它们的安全性。及时安装安全补丁和更新，以修复已知的漏洞。

5. 使用HTTPS：启用HTTPS协议，以加密网站与用户之间的数据传输，防止窃听和数据泄露。确保网站上的所有敏感通信都通过HTTPS进行。

6. 实施访问控制：对网站的后台管理系统实施严格的访问控制，包括使用强密码、多因素身份验证和访问日志。限制不必要的访问权限，并定期审查用户权限。

7. 监控和检测：使用安全监控和检测工具，如入侵检测系统（IDS）、安全信息事件管理（SIEM）工具和安全日志分析工具，以及时发现和应对安全威胁。

8. 安全审计和评估：定期进行安全审计和评估，以检测网站可能存在的安全漏洞。可以聘请专业的安全顾问或团队进行安全评估，并根据他们的建议进行改进。

9. 用户教育和培训：提供用户安全教育和培训，帮助他们识别和防范常见的网络威胁，如钓鱼邮件、恶意链接和假冒网站。

10. 应急响应计划：制定应急响应计划，以应对安全事件的发生。这包括确定响应流程、联系人和外部支持资源，以便在发生安全问题时能够迅速做出反应。

请注意，网络安全是一个不断变化和发展的领域，因此需要持续的关注和投入，以保持网站的安全性。