南京定制网站建设相比使用模板建站，具有以下几点主要优点：

1. **个性化与独特性**：定制网站可以根据企业的特定需求和品牌形象进行个性化设计，确保网站独一无二，更好地反映企业的特色和专业性。

2. **功能定制**：定制网站可以根据企业的业务需求定制功能，如在线商城、会员系统、内容管理系统（CMS）、在线预约系统等，提升用户体验和业务效率。

3. **用户体验优化**：定制网站可以根据用户行为和需求进行优化，提供更加流畅和直观的用户体验，从而提高用户满意度和转化率。

4. **搜索引擎优化（SEO）**：定制网站通常会考虑到搜索引擎优化，通过合理的关键词布局、代码优化等手段，提升网站在搜索引擎中的排名。

5. **扩展性和可维护性**：定制网站通常具有更好的扩展性和可维护性，可以随着企业的发展和需求的变化进行升级和调整。

6. **安全性**：定制网站通常会考虑安全性，采取必要的技术措施来保护网站免受恶意攻击和数据泄露。

7. **长期投资**：虽然定制网站的建设成本相对较高，但从长期来看，它是一个对品牌的长期投资，能够随着企业的发展不断增值。

8. **专业支持**：定制网站通常由专业的开发团队提供支持和服务，包括网站的维护、更新和问题解决，确保网站的长期稳定运行。

需要注意的是，定制网站的建设成本通常高于使用模板建站，而且需要较长的开发周期。因此，企业在选择定制还是使用模板建站时，应根据自身预算、时间表和业务需求来做出决策。